日本に限らず、世界中の民族の歴史として「先祖を祀る・先祖を供養する」事は普遍的な価値観ではないかと思います。 また、神社に祭ってある神様は”地元の有力者であった方が神として祭ってある”事は馬頭かしい話ではありません。
しかし、仏教では先祖供養を否定はしませんが、ご本尊はあくまでお釈迦様が基本で、それ以外には開祖だったりします。
文化として長い時間の間に問題無く行われるようになった仏壇でご先祖・ご本尊を祀る事ですが、元々は違っていたのではないでしょうか。